Ammiraglio della Flotta Stellare.

Nel 2373 si trova su Deep Space Nine per negoziare l'ingresso di Bajor nella Federazione.

Quando Benjamin Sisko, dopo le visioni dei Profeti, rivela ai Bajoriani che è ancora troppo presto per unirsi alla Federazione, Whatley è assai adirato e fa notare a Sisko che il suo comportamento gli sarebbe potuto costare il comando della stazione, ma decide di rispettare la sua decisione in quanto alta figura spirituale dei bajoriani.