Kira Nerys viene promossa Colonnello (Image in the Sand).

L'equipaggio della Voyager costruisce il Delta Flyer, basato su un'idea di Tom Paris (Drone, Extreme Risk).

Il Think Tank aiutano i Vidiiani a curare la fagia, che viene completamente debellata (Think Tank).

Data Stellare 52081. La Voyager attraversa il vortice spaziale malon guadagnando 2.500 anni luce, pari a circa due anni di viaggio (Night).

Data Stellare 52152. Un attacco al principale cantiere navale del Dominio nel quadrante Alfa priva le forze Jem'Hadar e Cardassiane della possibilità di continuare a condurre operazioni lungo tutto il confine delle zone conquistate nel primo anno di guerra. Di fronte alla controffensiva alleata, il Dominio si trova spesso a retrocedere e ad evacuare settori e mondi della Federazione che aveva occupato nei primi mesi di guerra (Shadow and Symbols).

Ezri Dax viene assegnata a Deep Space Nine con il grado di Tenente J.G (Afterimage).

Weyoun 6 diserta improvvisamente e passa dalla parte dell'Alleanza. Poiché sia i Vorta sia i Jem'Hadar sono geneticamente creati per essere fanaticamente fedeli ai Fondatori, inizialmente l'Alleanza sospetta una trappola. Come si scoprirà poi, Weyoun 6 ha subito una clonazione difettosa che lo ha reso ostile ai Fondatori. Le informazioni militari di cui è a conoscenza saranno di importanza rilevante per la definizione della strategia bellica dell'Alleanza (Treachery, Faith and the Great River).

Sul pianeta AR-558, le forze della Federazione riescono a prendere il controllo del principale impianto di trasmissione del Dominio nel quadrante; pur con alterne fortune e con la perdita di moltissimi ufficiali, la Flotta Stellare riesce a mantenere il controllo del trasmettitore ed a respingere gli attacchi dei Jem'Hadar. Il superamento dei sistemi di sicurezza del trasmettitore e la conseguente possibilità per l'Alleanza di intercettare le comunicazioni del Dominio, permetterà alle forze alleate di sapere in anticipo ogni mossa del nemico. Oramai, l'iniziativa della guerra sembra saldamente nelle mani dell'Alleanza (The Siege of AR-558).

Kasidy Danielle Yates e Benjamin Lafayette Sisko si sposano ('Til Death Do Us Part).

Incalzata da ogni parte dall'offensiva dell'Alleanza, la rappresentante dei Fondatori gioca la carta dell'alleanza fra il Dominio ed i Breen. Gor si impegna a portare in guerra il suo popolo contro l'Alleanza, ricevendone in cambio la promessa di una ricca ricompensa al termine della guerra (Strange Bedfellows).

Forze combinate del Dominio e dei Breen attaccano improvvisamente su un nuovo fronte: prima che si possa organizzare una difesa efficace, la loro flotta riesce a raggiungere il Settore 001 e a bombardare la Terra. Anche se le autorità della Federazione riescono ad evacuare la maggior parte dei Terrestri, le distruzioni apportate dai Breen sono enormi: vaste aree del pianeta vengono bombardate e lo stesso Quartier Generale della Flotta Stellare a San Francisco è raso al suolo. Si tratta comunque di una vittoria di Pirro per le forze attaccanti: il contrattacco della Flotta Stellare ed il massiccio intervento al suo fianco delle forze klingon e romulane ha ragione degli attaccanti. Su Cardassia, intanto, venuto a conoscenza del fatto che fra le ricompense ai Breen previste dal patto fra Gor e la rappresentante dei Fondatori sono compresi molti territori dell'Unione, Damar comincia ad organizzare un movimento sotterraneo di resistenza all'occupazione del Dominio (The Changing Face of Evil).

Per organizzare la resistenza su Cardassia e per coordinarne le attività con quelle dell'Alleanza, la Federazione invia a Damar alcuni Bajoriani esperti in guerriglia, tra cui il Colonnello Kira Nerys. Per evitare che i Cardassiani si ribellino all'idea di collaborare con un membro della Milizia Bajorana, Kira viene temporaneamente arruolata nella Flotta Stellare (When it Rains...).

Un virus iniettato da alcuni agenti della Sezione 31 ha contagiato oramai tutti i Fondatori: nel quadrante Gamma il Dominio, privo di guida, è nel caos; nel quadrante Alfa la rappresentante dei Mutaforma non è quasi più in grado di operare e le forze del Dominio cominciano a cedere (Tacking into the Wind).

Data Stellare 52143. Utilizzando nuovamente la tecnologia della cavitazione quantica della specie 116, la Voyager guadagna dieci anni di viaggio (Timeless).

Data Stellare 52179. In seguito ad una grave insubordinazione, Tom Paris viene condannato a 30 giorni di detenzione e degradato a Guardiamarina (Thirty Days).

I Son'a tentano di riprendere il controllo di Ba'ku con la forza e con l'aiuto di alcuni ufficiali della Flotta Stellare, ma un intervento di Picard vanifica il piano. Ba'ku è dichiarato un protettorato della Federazione (Insurrection).

Data Stellare 52861. Rom viene nominato Grande Nagus (The Dogs of War).

Nuovo incontro della Voyager con i Borg nel corso del quale la Regina rivela che è in corso la progettazione di un'arma metagenica che dovrebbe essere lanciata nell'atmosfera della Terra. Questa arma dovrebbe disperdere un virus che, una volta penetrato nell'organismo umano, agirebbe come una nanosonda e assimilerebbe l'intera popolazione del pianeta (Dark Frontier).

I Borg assimilano la Specie 10026 (Dark Frontier - Part II).

La Voyager guadagna altri 20.000 anni luce, pari a circa quindici anni di viaggio (Dark Frontier - Part II).

Primo contatto tra la Voyager e i Varro (The Disease).

La Voyager incontra la Equinox, un'altra astronave federale dispersa nel quadrante Delta (Equinox - Part I).

L'Alleanza raduna le sue forze per sferrare l'attacco finale a Cardassia. Le flotte federale, klingon, romulana e bajoriana, cui si sono aggiunti i Maquis sopravvissuti agli attacchi dei Jem'Hadar, si contrappongono alle forze del Dominio, dei Breen e dei sempre più riluttanti Cardassiani. Durante un diverbio sulla gestione delle operazioni militari, Worf ed il Cancelliere Gowron si sfidano a duello; sarà Worf a vincere, uccidendo Gowron, per venire subito dopo acclamato come nuovo Cancelliere dell'Impero. Worf cede però subito l'incarico nelle mani di Martok, il comandante delle forze klingon fin dai tempi dell'attacco a Cardassia, che diventa così il nuovo Cancelliere. Poco prima dell'inizio dello scontro fra le flotte, la resistenza cardassiana distrugge il trasmettitore subspaziale che permetteva al Dominio di rimanere in contatto con le sue forze. Per rappresaglia, i Jem'Hadar radono al suolo un'intera città su Cardassia, uccidendo più di due milioni di persone. La rappresaglia dei Jem'Hadar è il segnale dell'insurrezione generale: ovunque su Cardassia la popolazione comincia ad attaccare le truppe d'occupazione del Dominio e dei Breen. La distruzione della nave ammiraglia romulana, intanto, ha fatto cedere un'ala dello schieramento dell'Alleanza; mentre i Romulani tentano di riorganizzarsi, le notizie dell'insurrezione giungono alle forze cardassiane, che improvvisamente cambiano campo e cominciano a colpire le navi Jem'Hadar. Le flotte dei Breen e del Dominio sono costrette a ritirarsi, per organizzare una nuova linea di difesa direttamente nel sistema di Cardassia. Ripristinate le comunicazioni con le proprie forze, intanto, la rappresentante dei Fondatori ordina ai Jem'Hadar di eliminare ogni cardassiano dal pianeta. Prima della fine delle operazioni militari, l'esecuzione di quest'ordine costerà ai Cardassiani quasi un miliardo di morti solamente su Cardassia. Una squadra di incursori cardassiani, intanto, riesce a penetrare nel Quartier Generale del Dominio e, dopo aspri combattimenti in cui cade anche Damar, la rappresentante dei Fondatori viene catturata. Mentre la Flotta Alleata si prepara ad un attacco con le forze di terra per liberare Cardassia dall'occupazione, la rappresentante dei Fondatori ordina ai Jem'Hadar e ai Breen di deporre le armi ed arrendersi (What You Leave Behind).

Worf viene nominato ambasciatore della Federazione presso l'Impero Klingon (What You Leave Behind - Part II).

Miles O'Brien viene promosso e trasferito sulla Terra (What You Leave Behind - Part II).