È una persona egocentrica, insensibile e amante delle belle donne ma soprattutto della propria nave.

Lascia la moglie Jennifer per fare il pirata per conto dell'Intendente di Terok Nor.

Si guadagna i favori dell'Intendente Kira Nerys compiendo delle incursioni pirata alle navi di passaggio e facendola divertire.

Messo di fronte alle angherie che la sua specie deve quotidianamente subire dall'Alleanza, un barlume di orgoglio e la speranza di una vita migliore e dignitosa, lo spingono a ribellarsi, fuggendo da Terok Nor con un pugno di uomini che lo seguono, tra i quali Miles O'Brien.

Diventa il leader del movimento di Resistenza Terrestre.

Il Capitano Sisko muore a bordo della sua nave quando i Cardassiani la fanno esplodere mentre sta cercando di avvicinarsi a Terok Nor per sabotare la stazione e distruggerla.