Nato sulla Terra verso la fine del XX secolo (Space Seed).

Khan Noonien Singh è stato uno dei superuomini che, tra il 1992 e il 1996, hanno combattuto sulla Terra le Guerre Eugenetiche. Ultimo ad essere sconfitto dopo quattro anni di aspri combattimenti, lui e i suoi trovano rifugio sul Botany Bay e scompaiono al di fuori del Sistema Solare (Space Seed).

La nave e il relativo equipaggio viene ritrovata dall'Enterprise nel 2267.

In seguito al ritrovamento, Kirk risveglia il capo, Khan appunto, che, dopo poco tenta di prendere il controllo dell'Enterprise con l'aiuto dei suoi uomini. Kirk, dopo aver posto Khan e i suoi sotto processo, lo condanna al confino su Ceti Alfa V (Space Seed).

Nel 2285 una squadra di sbarco della Reliant, tratta in inganno dall'esplosione di Ceti Alfa VI, scende su Ceti Alfa V per alcune ricognizioni scientifiche, ignara dell'errore che sta commettendo. La squadra di sbarco viene catturata dal gruppo di Khan, che, dopo aver ottenuto informazioni sul progetto Genesis e su Kirk, prende possesso della Reliant per vendicarsi di Kirk (Star Trek II).

In successive battaglie ingaggiate con l'Enterprise, la Reliant ha la peggio e Khan decide di attivare il Genesis, nel tentativo di distruggere l'Enterprise, tuttavia l'azione eroica di Spock salva l'Enterprise.

Deceduto a bordo della Reliant nei pressi di Genesis (Star Trek II).